Итак,излагаю свои мысли по этому поводу:

Мир шиноби опять встал на грани войны.Орочимару и его приспешники желают уничтожить Коноху.Для этого они концентрируют силы и готовятся к нападению.Но всё не так уж и просто:Коноха заключила военный союз с Суной(деревней песка),что осложняет Звуковикам жизнь.
Коноха:
Никаких существенных изменений в жизни:в деревне по-прежнему готовятся к отражению внешней угрозы.Клан Учиха не вымер и по-прежнему следит за порядком в деревне.После ухода Итачи жизнь клана нисколько не изменилась.Однако происходит новый конфликт-Саске наконец осознаёт правоту своего брата и тоже покидает Коноху.Он находит себе временное пристанище у Орочимару,надеясь руками Звуковиков отомстить Конохе.В то же время Орочимару жаждет заполучить тело Саске.Но юный Учиха не так прост-он разрабатывает план по устранению саннина.
Коноха великолепное место ... Мирное место , но ни кто не знает , что произошол раскол  двух сильнейших военных империй , ведь вы наверное знаете историю создания Конохи ? Мне прийдеться упоменуть о тех временах когда была основана Коноха... Все началось примерно 80 лет назад , мир был охвачен войной . Страны воевали для того что бы получить больше власти и расширить территорию . В те времена были два сильнейших клана : Клан Сейджу и клан Учиха.
И вот настаёт поворотный момент:клан Учиха хочет вернуть себе власть в этой деревне шиноби
Акацуки по-прежнему продолжают охотится за чжинчурики.Но среди них происходит раскол-Итачи,узнав все достоверные планы Мадары и Пейна по завоеванию мира,покидает организацию,спасаясь бегством.Итачи бежит к деревне,скрытой в облаках и веё окрестностях создаёт новую тайную организацию(потом придумаем название),цель которой-истреблять акацук.Организация справляется с первой задачей-Итачи и его людям удаётся остановить Какузу и Хидана,которые пришли в деревню скрытого облака за двухвостым демоном-Нии Югито.После этого Югито соглашается вступить в организацию Итачи и бороться против акацук.
Пейн понимает,что теперь их задача по захвату чжинчурики заметно осложнилась.Он жаждет уничтожить организацию Итачи,но в то же время продолжает поиски хвостатых демонов.

Думаю это можно взять за основу-а там посмотрим...